Inti dari permen karet xanthan terletak pada rantai polisakaridanya; tulang punggungnya terdiri dari unit glukosa yang dihubungkan bersama melalui ikatan -1,4 glikosidik untuk membentuk rantai linier yang panjang. Struktur linier tulang punggung ini memberikan perancah yang stabil untuk seluruh molekul, memungkinkannya mempertahankan susunan antarmolekul dan integritas strukturalnya dalam larutan air. Tulang punggung yang stabil inilah yang memungkinkan gom xanthan menunjukkan viskositas yang luar biasa dan sifat reologi yang sangat baik, bahkan pada konsentrasi rendah. Meluas dari unit glukosa spesifik di sepanjang tulang punggung ini, molekul xanthan memiliki rantai samping trisakarida yang terdiri dari mannose, asam glukuronat, dan mannose. Residu asam glukuronat dalam rantai samping ini mengandung gugus karboksil (–COOH), yang dapat membentuk garam dengan ion logam-seperti natrium, kalium, atau kalsium-sehingga mengubah asam xanthan menjadi gom xanthan. Rantai samping ini tidak hanya meningkatkan struktur sterik dan kelarutan molekul tetapi juga memberikan gom xanthan karakteristik fluida non-Newtonian; ini berarti larutannya menunjukkan peningkatan fluiditas ketika terkena gaya pengadukan atau geser, namun tetap mempertahankan konsistensinya ketika dibiarkan.
Gugus karboksilat dalam gom xanthan merupakan pusat fungsi molekulernya. Dengan membentuk ikatan ionik dengan ion logam, gom xanthan memperoleh ketahanan terhadap asam, basa, dan garam, serta tingkat stabilitas termal tertentu. Gugus garam ini meningkatkan stabilitas molekul di lingkungan berair, memungkinkannya mempertahankan struktur koloidnya dalam kondisi kompleks sekaligus memberikan beragam fungsi, termasuk emulsifikasi, suspensi, dan pengentalan. Oleh karena itu, gom xanthan berfungsi secara bersamaan sebagai polisakarida polimer dan bahan fungsional berbasis garam, yang memiliki nilai dan penerapan signifikan di sektor makanan, farmasi, kosmetik, dan industri.
